19 октября 1793 года 80 тысяч вандейцев и членов их семей переправились в городке Сен-Флоран на правый берег Луары в надежде дойти до одного из нормандских портов, захватить его и либо получить там помощь от англичан, либо эвакуироваться на их кораблях из Франции. Перед уходом повстанцам предстояло решить судьбу пяти тысяч пленных республиканцев. [Командующий партизанами] Боншан, умирая, настоял на их помиловании.

Обратный путь для «белых» оказался весьма тернист. Им приходилось пробиваться к Луаре с тяжелыми боями. По пути они заняли большой город Ле-Ман, который 12 декабря окружили и взяли штурмом войска 24-летнего генерала Франсуа-Северена Марсо, находившегося на фронтах этой войны с самого ее начала. Разгром инсургентов вылился в их истребление: погибли от 10 до 15 тысяч повстанцев и членов их семей, еще около 10 тысяч были захвачены в плен.

Свой последний бой на правом берегу Луары Католическая и королевская армия дала 22 декабря при Савене войскам генерала Клебера. Несмотря на то сопротивление, которое «белые» оказывали с упорством обреченных, они были окончательно разгромлены. Участвовавший в сражении генерал Вестерман, уже получивший к тому времени прозвище «вандейский мясник», так описал происшедшее в своем донесении Конвенту:

"Вандеи больше нет… Она умерла от удара нашей сабли свободы вместе со своими женщинами и детьми. Я похоронил ее в болотах Савене. Следуя вашему приказу, я давил их детей копытами лошадей; я резал их женщин, по меньшей мере для того, чтобы они больше не могли родить бандитов. Меня нельзя упрекнуть в том, что я взял хоть одного пленного. Я истребил их всех. Дороги усыпаны трупами. Их так много, что в некоторых местах они высятся пирамидами…"

На юге Франции войска Республики под занавес года тоже добились большого успеха: 19 декабря пал Тулон. При его захвате особо отличился командующий артиллерией осадной армии капитан Наполеон Бонапарт, немедленно произведенный за свои заслуги в бригадные генералы. Значительная часть жителей города, опасаясь мщения со стороны республиканских властей, эвакуировалась на английских кораблях.

В «военной Вандее» и граничивших с ней областях волна террора пошла на подъем после разгрома основных сил Католической и королевской армии. По всей территории, где ранее велись военные действия, республиканцы создавали военно-полевые суды (военные комиссии), десятками и сотнями приговаривавшие к смерти пленных вандейцев, значительную часть из которых составляли женщины.

Особенно широкий масштаб репрессии приобрели в Нанте, где всеми делами заправлял присланный Конвентом «проконсул» Жан-Батист Каррье, бывший мелкий судейский чиновник из Верхней Оверни. После того как он прибыл туда в начале октября, гильотина в Нанте заработала без передышки, отправив на тот свет 144 человека, заподозренных в поддержке «белых». После битвы при Савене в город были доставлены около девяти тысяч пленных вандейцев и членов их семей. Они содержались на бывших товарных складах и на грузовых судах в условиях крайней антисанитарии, которую местный врач Тома так позднее описал следствию:

"Получив распоряжение военной комиссии засвидетельствовать беременность большого количества женщин, содержавшихся в помещении складов, я обнаружил там множество трупов; я видел там детей, бьющихся или утопленных в полных экскрементами лоханях.

Я проходил по огромным помещениям; мое появление заставляло женщин трепетать: они не видели других мужчин, кроме палачей. ‹…› Я засвидетельствовал беременность тридцати из них; многие из них были беременны уже семь или восемь месяцев; через несколько дней я вернулся, чтобы вновь их осмотреть. ‹…› Я свидетельствую, и душа моя разрывается от горя: эти несчастные женщины были сброшены в реку! Эти картины мучительны, они поражают человечество; однако я должен дать суду самый точный отчет о том, что знаю".

Неудивительно, что в таких условиях среди заключенных началась эпидемия тифа, унесшая жизни примерно трех тысяч из них. Остальных по приказу Каррье уничтожили путем массовых утоплений в Луаре и расстрелов. Всего жертвами террора в Нанте стали приблизительно – точной статистики не велось – до 11 тысяч человек, включая, помимо вандейцев, также пленных шуанов, неприсягнувших священников и самих горожан.

Для наказания населения собственно «военной Вандеи» новый командующий республиканскими войсками в регионе генерал Луи-Мари Тюрро в январе 1794 года предложил Конвенту план превращения ранее мятежной территории в выжженную землю при помощи двадцати мобильных колонн. Генерал Клебер, несогласный с планом Тюрро, был отправлен из этой армии на другой театр военных действий. От имени Комитета общественного спасения Карно одобрил задуманное Тюрро, и тот привел свой план в исполнение. С января по май 1794 года «адские колонны», как назвали их современники, утюжили территорию Вандеи, уничтожая посевы, скот и целые деревни со всеми их жителями, включая стариков, женщин и детей. Нередко перед смертью людей жестоко пытали. В ряде мест наряду с «подозрительными» заодно убивали и местных «патриотов», как это, например, произошло в многострадальном Брессюире. По приблизительным подсчетам жертвами «адских колонн» стали до 50 тысяч мирных жителей.

Всего же в результате гражданской войны и террора этот регион потерял от 200 до 300 тысяч человек. Причем наибольшие потери пришлись на период после поражения Католической и королевской армии.